刚才某上海地区的粉丝突然发信“责问”我为什么没有发他们课题组成果的宣传稿,我表示“一脸懵逼”,想起来原来是前些天他也是这样“随意”委托过我,说课题组刚刚发了一篇nature communications,其它公众号bioart,测序中国等等都会跟进报道宣传,“希望”我们生信技能树也同步宣传。
我没有理会,本来就不熟,我们公众号的定位又不是学术成果宣传,一大堆的CNS正刊文章我都没有时间看,朋友圈动辄就是惊世骇俗的新闻,某上海医院连发3篇新英格兰,广州医科大学连发3篇cell,我都懒得看,更别说分享它们了!更何况我们现在主推的科研新宠:单细胞技术,平均一个月三十多篇高IF文章啊!!!
谁管nature communications?更何况学术界一大堆瓜:
关键是我们定位是生物信息学数据处理技术分享,其它一切形式的宣传都看心情!
是的,你没有看错,我就是看心情,哪管你多牛,你以为我的十万粉丝是天上掉馅饼获得的,是我连续6年(2000多天)笔耕不辍的一点一滴真情实感分享积累的。
这样的我有权利选择去宣传谁!
学好单细胞,你也可以有CNS
如果是10X仪器的单细胞转录组数据走cellranger流程,我们在单细胞天地多次分享过流程笔记:
如果是smart-seq2技术,首先走单细胞下游分析标准流程啊,就是那些R包的认知,包括 scater,monocle,Seurat,scran,M3Drop 需要熟练掌握它们的对象,:一些单细胞转录组R包的对象 ,分析流程也大同小异:
step1: 创建对象
step2: 质量控制
step3: 表达量的标准化和归一化
step4: 去除干扰因素(多个样本整合)
step5: 判断重要的基因
step6: 多种降维算法
step7: 可视化降维结果
step8: 多种聚类算法
step9: 聚类后找每个细胞亚群的标志基因
step10: 继续分类
完整文字版教程了
所以你其实可以不需要购买视频了,除非你对我的声音有特殊的爱好,或者其他我不知道的原因:
第一单元:文献背景及课程介绍
第二单元:常规转录组基础知识回顾
第三单元:单细胞3大R包的学习
第四单元:重复文章图表
第五单元:结合公共数据库
学好表达芯片的公共数据库挖掘你很容易毕业升职加薪
GEO数据挖掘技巧,基本上该分享的都在B站和GitHub了,目录如下:
第一讲:GEO,表达芯片与R
第二讲:从GEO下载数据得到表达量矩阵
第三讲:对表达量矩阵用GSEA软件做分析
第四讲:根据分组信息做差异分析
第五讲:对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析
第六讲:指定基因分组boxplot指定基因list画热图
第七讲:根据差异基因list获取string数据库的PPI网络数据
第八讲:PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图
第九讲:网络图的子网络获取
第十讲:hug genes如何找
系列推文感兴趣的也可以去看看;
可以选择参加11月23号周六下午3-6点,上海张江高科的义诊,https://mp.weixin.qq.com/s/xIOzD4XT8_G8LCZP0kZxgw
或者11月24号周日上午9-12点的拍卖行,两种形式都可以帮助你解决生物信息学问题,https://mp.weixin.qq.com/s/wNi-Ips8WKffAAZAmpo3NA
同时我们还会提供一些招聘见面会,比如 https://mp.weixin.qq.com/s/0i51Fv5pdu4f8W06RGIdGQ
号外:生信技能树全国巡讲11月在福州和上海,点击了解报名哈:(福州、上海见!)全国巡讲第19-20站(生信入门课加量不加价)
福州已经停止报名,上海还可以报名,不过位置也不多了,然后下一站是12月底的长沙,欢迎咨询!